Turystyka jest formą aktywności człowieka, która nie musi wpływać negatywnie na siedliska leśne, jeśli jest kontrolowana i organizowana z uwzględnieniem zasad ochrony przyrody. Jednak źle zorganizowana masowa turystyka jest dla lasu zagrożeniem stwarzającym podobne niebezpieczeństwa jak pożary, niszczenie roślinności, nieracjonalny zbiór runa leśnego, niepokojenie i chwytanie zwierząt, wydeptywanie, przenoszenie do biocenoz obcych organizmów, niszczenie mrowisk i innych schronień zwierząt, zaśmiecanie lasu, w tym trwałe zatruwanie gleby.

Zagrożeniem jest też emisja różnych gazów i pyłów do atmosfery, wypływ nieoczyszczonych ścieków komunalnych i przemysłowych do wód i gleby, przesiąkanie intensywnie stosowanych środków ochrony roślin i nawozów w rolnictwie czy też duże ilości odpadów stałych przemysłowych i komunalnych, często wyrzucanych poza miejscami do tego celu przeznaczonymi.

W lasach Nadleśnictwa nie stwierdzono znaczących uszkodzeń ze strony przemysłu, jednak istnieje stałe zagrożenie z tej strony, a lasy są narażone głównie na zanieczyszczenia przemysłowe emitowane do atmosfery. Są to przede wszystkim pyły, tlenki węgla, siarki i azotu, które w sprzyjających warunkach meteorologicznych poprzez atmosferę przenoszone są na znaczne odległości. Sąsiedztwo aglomeracji warszawskiej, zakładów energetycznych i przemysłowych oraz rozbudowany transport towarów i ludzi jest głównym dostarczycielem zanieczyszczeń na teren Nadleśnictwa. Innym źródłem zanieczyszczeń powietrza jest transport i komunikacja. Z roku na rok wzrasta liczba pojazdów samochodowych. Z uwagi na położenie, obszar Nadleśnictwa Mińsk narażony jest na wzmożony ruch ciężkich pojazdów transportu międzynarodowego.

Wśród czynników biotycznych najgroźniejsze jest masowe pojawianie się szkodliwych owadów. Nadleśnictwo należy do grupy o niskim zagrożeniu. Są jednak obszary (leśnictwo Poręby), w których odnotowuje się gradacje boreczników i brudnicy mniszki oraz występowanie ryjkowców. W latach 90-tych XX wiek, na terenie leśnictw Poręby, Dobre, Stankowizna, prowadzono wielkoobszarowe zabiegi zwalczania boreczników, a w leśnictwie Poręby zwalczano także brudnice mniszkę. W 2004 roku, w leśnictwie Mienia, konieczne stało się również podjęcie zwalczana zwójek i miernikowców.

Szkody w drzewostanach z udziałem dębu, którym głównym sprawcą są opiętki, występują na powierzchni 97 ha. W latach 2005-2006 z ich powodu konieczne było usunięcie 1700 m3 posuszu dębowego w leśnictwach Mienia, Pełczanka, Jeziorek.

Na stan zdrowotny lasów wpływają również patogeny grzybowe, które atakują głównie system korzeniowy drzew. Nadleśnictwo Mińsk należy do grupy niskich zagrożeń, choć ok. 17% powierzchni stanowią drzewostany na gruntach porolnych i istnieje tam zagrożenie ze strony huby korzeniowej.

W leśnictwach: Mienia, Piaseczno, Pełczanka, Jeziorek obserwuje się zjawisko zamierania pędów dębu w uprawach i młodnikach, mimo podjętych kroków nie ustalono jaki patogen jest sprawcą szkód

Istotnym problemem są szkody wyrządzane w drzewostanach i uprawach przez sarnę, jelenia i łosia w leśnictwach Pełczanka, Piaseczno, Mienia i Jeziorek. Nadleśnictwo na bieżąco chroni uprawy i drzewostany stosując m.in. skuteczne grodzenia i pakułowanie wełną owczą.

Lasy narażone są także na szkody powodowane przez wiatr, okiść, czy śnieg występowały sporadycznie i nie miały większego znaczenia w gospodarce Nadleśnictwa Mińsk. Jednakże różne anomalie klimatyczne mogą pojawić się w każdym roku, powodując znaczne szkody (na skutek wiatrołomów i śniegołomów w 2000 r. pozyskano ponad 9000 m³ drewna). W sierpniu 2008 r. w wyniku przejścia przez  teren Leśnictwa Jeziorek trąby powietrznej usunięto w latach 2008-2009 wywroty i złomy o masie ponad 5000 m³, założono zręby sanitarne na powierzchni ok 7 ha. Od kilku lat obserwuje się powstawanie w drzewostanach zabagnień i podtopień, co tłumaczy się podniesieniem poziomu wód gruntowych oraz działalnością bobrów. Zabagnienia powstają najczęściej wokół bagien lub w miejscach ich uproduktywnienia w przeszłości,  a także wzdłuż cieków wodnych, gdzie swoje tamy budują bobry.